পুকুরে প্রাকৃতিক খাবার জন্মানোর জন্য পর্যাপ্ত পরিমাণে নাইট্রোজেন, ফসফরাস ও পটাসিয়ামের দরকার হয়। তাছাড়াও ক্যালসিয়াম, ম্যাগনেসিয়াম, সালফার, কপার, জিংক প্রভৃতি যৌগের দরকার হয়। পুকুরে যে চুন দেয়া হয় তা ক্যালসিয়ামের উৎস হিসেবে কাজ করে। আমাদের দেশের পুকুরের মাটিতে নাইট্রোজেন ও ফসফরাস ব্যতীত বাকি মৌলগুলো চিংড়ির প্রাকৃতিক খাবার জন্মানোর জন্য মোটামুটি যথেষ্ট পরিমাণে থাকে। তাই পুকুরে মাছের প্রাকৃতিক খাবার পর্যাপ্ত পরিমাণে তৈরির জন্য বাইরে থেকে কেবল নাইট্রোজেন ও ফসফরাস সরবরাহ করলেই চলে।

বাগদা চিংড়ির খামারে কাঁটা শেওলা উৎপাদনের মাধ্যমে চিংড়ি চাষ করা হলে সার প্রয়োগের প্রয়োজন হয় না। খামারে একবারে পানির গভীরতা অধিক বৃদ্ধি করা ঠিক নয়, কারণ সূর্যালোকের অনুপস্থিতির কারণে শেওলা উৎপাদন কার্যক্রম বাধাগ্রস্থ হয়। এক্ষেত্রে প্রথম পর্যায়ে ১ ফুট পানি প্রবেশ করিয়ে ১০-১৫ দিন কোন কার্যক্রম ছাড়াই ফেলে রাখতে হবে, অতঃপর প্রয়োজনীয় পরিমাণ পানি প্রবেশ করাতে হবে। কাঁটা শেওলার উপর নির্ভর না করে খাদ্য এবং সার প্রয়োগের মাধ্যমে উন্নততর পদ্ধতি অনুসরণ করা হলে নিম্নলিখিত হারে রোটেনন প্রয়োগের ৩-৫ দিন পর পুকুর/খামারে সার প্রয়োগ করতে হবে:

•  ইউরিয়া : ২০-২৫ কেজি/হেক্টর (প্রতি শতাংশে ৮০-১০০ গ্রাম)
• টিএসপি : ২০-২৫ কেজি/হেক্টর (প্রতি শতাংশে ৮০-১০০ গ্রাম)
• খৈল : ৩০-৪৫ কেজি/হেক্টর (প্রতি শতাংশে ১৫০-২০০ গ্রাম)

সার প্রয়োগে বিবেচ্য বিষয়সমূহ হলো

ক) কী পরিমাণ সার পুকুরে প্রয়োগ করতে হবে তা নির্ভর করে মাটির গুণাগুণ ও উর্বরতা শক্তির ওপর।

 খ) সাধারণত বেলে মাটিতে যেখানে পুষ্টি উপাদানের পরিমাণ কম থাকে সেখানে সারের পরিমাণ একটু বেশি দিতে হয়। আবার পলি মাটিতে যেখানে পুষ্টি উপাদানের পরিমাণ বেশি থাকে সেখানে পরিমাণ একটু কম দিতে হবে।

গ) জৈব সারের ব্যবহার পরিহার করতে হবে। 

ঘ) অজৈব সার শুষ্ক পুকুরে দেয়া যাবে না।

ঙ) অজৈব সার চিংড়ি ছাড়ার ৪/৫ দিন পূর্বে পরিমিত পরিমাণে দিতে হবে। 

চ) সার বৃষ্টির দিনে না দিয়ে রৌদ্রোজ্জ্বল দিনে দিলে ভালো ফল পাওয়া যায়।